mk-mode BLOG

このブログは自作の自宅サーバに構築した Debian GNU/Linux で運用しています。
PC・サーバ構築等の話題を中心に公開しております。(クローンサイト: GitHub Pages

ブログ開設日2009-01-05
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Python - 3次スプライン補間!

[ プログラミング, 数学 ] [ Python ]

こんばんは。

過去に「3次スプライン補間」を Ruby で実装しました。

今回は、 Python3 で実装してみました。

0. 前提条件

  • LMDE 2 (Linux Mint Debian Edition 2; 64bit) での作業を想定。
  • Python 3.6.4 での作業を想定。
  • グラフ描画に PyPI ライブラリ matplotlib を使用する。
  • 当方は他のバージョンとの共存環境であり、 python3.6, pip3.6 で 3.6 系を使用するようにしている。(適宜、置き換えて考えること)

1. 3次スプライン補間について

当ブログ過去記事を参照。

2. PyPI ライブラリ matplotlib のインストール

1
$ sudo pip install matplotlib

3. Python スクリプトの作成

  • 敢えてオブジェクト指向で作成している。
  • Shebang ストリング(1行目)では、フルパスでコマンド指定している。(当方の慣習
  • 以下のスクリプトでは 0.1 単位で補間するようにしている。
  • スクリプト内の定数(X, Y, S, S_1)は適宜変更すること。
    S の逆数 S_1 は、小数刻みで for ループする際に浮動小数点の微小誤差を発生させないための措置)
spline_interpolation.py
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#! /usr/local/bin/python3.6
"""
3-D spline interpolation
(with graph drawing by matplotlib)
"""
import matplotlib.pyplot as plt
import sys
import traceback

class SplineInterpolation:
    def __init__(self, xs, ys):
        """ Initialization

        :param list xs: x-coordinate list of given points
        :param list ys: y-coordinate list of given points
        """
        self.xs, self.ys = xs, ys
        self.n = len(self.xs) - 1
        h = self.__calc_h()
        w = self.__calc_w(h)
        matrix = self.__gen_matrix(h, w)
        v = [0] + self.__gauss_jordan(matrix) + [0]
        self.b = self.__calc_b(v)
        self.a = self.__calc_a(v)
        self.d = self.__calc_d()
        self.c = self.__calc_c(v)

    def interpolate(self, t):
        """ Interpolation

        :param  float t: x-value for a interpolate target
        :return float  : computated y-value
        """
        try:
            i = self.__search_i(t)
            return self.a[i] * (t - self.xs[i]) ** 3 \
                 + self.b[i] * (t - self.xs[i]) ** 2 \
                 + self.c[i] * (t - self.xs[i]) \
                 + self.d[i]
        except Exception as e:
            raise

    def __calc_h(self):
        """ H calculation

        :return list: h-values
        """
        try:
            return [self.xs[i + 1] - self.xs[i] for i in range(self.n)]
        except Exception as e:
            raise

    def __calc_w(self, h):
        """ W calculation

        :param  list h: h-values
        :return list  : w-values
        """
        try:
            return [
                6 * ((self.ys[i + 1] - self.ys[i]) / h[i]
                   - (self.ys[i] - self.ys[i - 1]) / h[i - 1])
                for i in range(1, self.n)
            ]
        except Exception as e:
            raise

    def __gen_matrix(self, h, w):
        """ Matrix generation

        :param  list   h: h-values
        :param  list   w: w-values
        :return list mtx: generated 2-D matrix
        """
        mtx = [[0 for _ in range(self.n)] for _ in range(self.n - 1)]
        try:
            for i in range(self.n - 1):
                mtx[i][i]     = 2 * (h[i] + h[i + 1])
                mtx[i][-1]    = w[i]
                if i == 0:
                    continue
                mtx[i - 1][i] = h[i]
                mtx[i][i - 1] = h[i]
            return mtx
        except Exception as e:
            raise

    def __gauss_jordan(self, matrix):
        """ Solving of simultaneous linear equations
            with Gauss-Jordan's method

        :param  list mtx: list of 2-D matrix
        :return list   v: answers list of simultaneous linear equations
        """
        v = []
        n = self.n - 1
        try:
            for k in range(n):
                p = matrix[k][k]
                for j in range(k, n + 1):
                    matrix[k][j] /= p
                for i in range(n):
                    if i == k:
                        continue
                    d = matrix[i][k]
                    for j in range(k, n + 1):
                        matrix[i][j] -= d * matrix[k][j]
            for row in matrix:
                v.append(row[-1])
            return v
        except Exception as e:
            raise

    def __calc_a(self, v):
        """ A calculation

        :param  list v: v-values
        :return list  : a-values
        """
        try:
            return [
                (v[i + 1] - v[i])
              / (6 * (self.xs[i + 1] - self.xs[i]))
                for i in range(self.n)
            ]
        except Exception as e:
            raise

    def __calc_b(self, v):
        """ B calculation

        :param  list v: v-values
        :return list  : b-values
        """
        try:
            return [v[i] / 2.0 for i in range(self.n)]
        except Exception as e:
            raise

    def __calc_c(self, v):
        """ C calculation

        :param  list v: v-values
        :return list  : c-values
        """
        try:
            return [
                (self.ys[i + 1] - self.ys[i]) / (self.xs[i + 1] - self.xs[i]) \
              - (self.xs[i + 1] - self.xs[i]) * (2 * v[i] + v[i + 1]) / 6
                for i in range(self.n)
            ]
        except Exception as e:
            raise

    def __calc_d(self):
        """ D calculation

        :return list: c-values
        """
        try:
            return self.ys
        except Exception as e:
            raise

    def __search_i(self, t):
        """ Index searching

        :param float t: t-value
        :return  int i: index
        """
        i, j = 0, len(self.xs) - 1
        try:
            while i < j:
                k = (i + j) // 2
                if self.xs[k] < t:
                    i = k + 1
                else:
                    j = k
            if i > 0:
                i -= 1
            return i
        except Exception as e:
            raise

class Graph:
    def __init__(self, xs_0, ys_0, xs_1, ys_1):
        self.xs_0, self.ys_0, self.xs_1, self.ys_1 = xs_0, ys_0, xs_1, ys_1

    def plot(self):
        """ Graph plotting """
        try:
            plt.title("3-D Spline Interpolation")
            plt.scatter(
                self.xs_1, self.ys_1, c = "b",
                label = "interpolated points", marker = "+"
            )
            plt.scatter(
                self.xs_0, self.ys_0, c = "r",
                label = "given points"
            )
            plt.xlabel("x")
            plt.ylabel("y")
            plt.legend(loc = 2)
            plt.grid(color = "gray", linestyle = "--")
            #plt.show()
            plt.savefig("spline_interpolation.png")
        except Exception as e:
            raise


if __name__ == '__main__':
    # (N + 1) points
    X = [0.0, 2.0, 3.0, 5.0, 7.0, 8.0]
    Y = [0.8, 2.8, 3.2, 1.9, 4.5, 2.5]
    S   = 0.1        # Step for interpolation
    S_1 = 1 / S      # Inverse of S
    xs_g, ys_g = [], []  # List for graph
    try:
        # 3-D spline interpolation
        si = SplineInterpolation(X, Y)
        for x in [x / S_1 for x in range(int(X[0] / S), int(X[-1] / S) + 1)]:
            y = si.interpolate(x)
            print("{:8.4f}, {:8.4f}".format(x, y))
            xs_g.append(x)
            ys_g.append(y)
        # Graph drawing
        g = Graph(X, Y, xs_g, ys_g)
        g.plot()
    except Exception as e:
        traceback.print_exc()
        sys.exit(1)

3. Python スクリプトの実行

まず、実行権限を付与。

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$ chmod +x spline_interpolation.py

そして、実行。

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$ ./spline_interpolation.py
  0.0000,   0.8000
  0.1000,   0.9861
  0.2000,   1.1713
  0.3000,   1.3544
  0.4000,   1.5346
  0.5000,   1.7108
  0.6000,   1.8820
  0.7000,   2.0473
  0.8000,   2.2056
  0.9000,   2.3559
  1.0000,   2.4973
  1.1000,   2.6287
  1.2000,   2.7492
  1.3000,   2.8578
  1.4000,   2.9534
  1.5000,   3.0351
  1.6000,   3.1019
  1.7000,   3.1528
  1.8000,   3.1868
  1.9000,   3.2028
  2.0000,   3.2000
  2.1000,   3.1782
     :         :
====< 途中省略>====
     :         :
  7.5000,   2.1279
  7.6000,   2.0754
  7.7000,   2.0275
  7.8000,   1.9831
  7.9000,   1.9410
  8.0000,   1.9000

4. グラフ確認

Python スクリプトと同じディレクトリ内に “spline_interpolation.png” という画像ファイルが存在するはずなので、確認してみる。
(赤色の x が予め与えられた点、水色の + が補間された点)

SPLINE_INTERPOLATION

5. 参考サイト


以上。

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