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このブログは自作の自宅サーバに構築した Debian GNU/Linux で運用しています。
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ブログ開設日2009-01-05
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R - 地震活動状況の地図表示!

[ pc_tips ] [ GIS, R, 地図 ]

こんばんは。

少し前から国土地理院や国土交通省提供の地図情報(Shape ファイル)から R(maptools) を用いて地図を表示してきました。

今回は、国土地理院・地球地図日本上に気象庁発表の地震情報(震源・地震規模)の情報を重ねて表示してみした。

(乱文ご容赦下さい)

0. 前提条件

  • R 3.1.1 での作業を想定。
  • SHAPE ファイルは国土地理院・地球地図日本を使用。(別途都道府県単位で地物融合済み)

1. 地震データ(CSV ファイル)の準備

使用する地震データを何かしらの形で準備する。
当方は、以前から取り貯めていた「気象庁防災情報 XML」の「震源・震度に関する情報」のデータを整形していかのような CSV ファイルを用意した。(2013/01/01から2014/06/30までの3,357件)

eq_data.csv
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lat,lon,depth,magnitude
-23.1,-176.6,210,7.4
-03.8,154.0,380,7.3
39.1,142.1,50,3.6
40.5,141.7,100,3.9
27.1,127.5,90,4.0
38.9,142.0,50,3.5
40.1,141.8,10,3.1
35.7,141.1,10,4.2
39.0,142.1,50,3.7

         :
 ===< 以降省略 >===
         :

2. R スクリプト作成

以下のような R スクリプト(プログラム)を作成した。
処理の詳細は説明しない。スクリプト中のコメントで概要を理解してください。

generate_map_prefs.R
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# 国土地理院・地球地図日本に地震情報をプロット

# ライブラリの読み込み
library(gpclib)
library(ggplot2)
library(maptools)

# gpclib ライセンス警告表示の抑止
gpclibPermit()

# Shapefile, CSV ファイルのフルパス
shp_file <- "/path/to/polbnda_jpn_pref.shp"
csv_file <- "/path/to/eq_data.csv"

# Shapefile の読み込み
shp <- readShapePoly(shp_file)

# Shapefile をデータフレーム形式に変換
df <- fortify(shp)

# CSV データ読み込み
csv <- read.csv(csv_file)

# タイトル・コピーライト文字列
title <- "地震の活動状況 [ 2013/01/01 - 2014/06/30 ]"
copy  <- paste(
  "(出典:国土地理院・地球地図日本 / 気象庁・防災情報XML)",
  "© 2014 mk-mode.com", sep = "\n"
)

# 地図描画
g <- ggplot(df)                                              # オブジェクト生成
g <- g + ggtitle(title)                                      # グラフタイトル設定
g <- g + geom_polygon(
  aes(long, lat, group = group),
  colour = "gray20", fill = "darkolivegreen4", size = 0.1
)                                                            # 日本地図描画
g <- g + geom_point(
  data = csv, shape = 1, alpha = 0.5,
  aes(x = lon, y = lat, size = magnitude, colour = depth)
)                                                            # 地震情報 Plot
g <- g + scale_colour_gradient(low = "red", high="midnightblue") # 深さ色設定
g <- g + xlim(c(122, 150)) + ylim(c(23, 47))                 # プロット範囲指定
g <- g + coord_equal()                                       # メモリ刻みを等間隔設定
g <- g + theme(
  plot.background = element_rect(
    colour = "black", size = 0.5
  )
)                                                            # プロット領域背景
g <- g + labs(
  x = copy, y = "", size = "規模(M)", colour = "深さ(km)"
)                                                            # ラベル設定
g <- g + theme(legend.position = "right")                    # 凡例位置
g <- g + theme(
  title = element_text(size = 10, colour = "black"),         # タイトルのサイズ・色
  axis.title.y = element_blank(),                            # y 軸ラベル領域非表示
  axis.title.x = element_text(size = 10, colour = "gray20")  # x 軸ラベルのサイズ・色
)
g <- g + guides(
  colour = guide_legend(order = 1),
  size   = guide_legend(order = 2)
)
g <- g + theme(
  panel.background = element_rect(
    fill = "lightsteelblue", colour = "black",
    size= 0.2 , linetype = 1
  )
)                                                            # グラフ枠・背景

# 画像保存
ggsave(
  file = paste("earthquakes.png"),
  dpi = 100, width = 6.4, height = 6.4,
  g
)

3. R スクリプト実行

R を起動し以下のように R スクリプトを指定して実行する。(表示範囲外の震源データは警告となる)

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> source("earthquake.R")

コマンドラインから実行する場合は以下のように実行する。

1
$ R --vanilla --slave < earthquake.R

--vanilla は、R がこれまでに保存していたオブジェクトを「読み込まない」(プレーンな)状態で R を実行するオプション。
--slave は、R の出力(処理内容)を標準出力(ディスプレイ)に表示しないオプション。

4. 地図確認

成功すると “earthquakes.png” という画像ファイルが作成されるので表示して確認してみる。

R_MAPTOOLS_EQ


「数値データを視覚化することで状況をより把握しやすくなる」ということがよく分かります。

以上。

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